В 1999 году завод «Skoda-auto» начинает выпуск новой модели компактных автомобилей и называет эту модель Шкода Фабия. Шкода Фабия пришла на смену предыдущей компактной модели Шкода Фелиция.

В отличие от Фелиции, практически все модели Шкода Фабия комплектовались системой ABS, подушками безопасности и усилителем руля.

Шкода Фабия первого поколения комплектовалась тремя видами бензиновых двигателей и двумя дизельными.

В 2000 году с конвейера сходит Шкода Фабия в версии Комби, годом позже появляется кузов седан.

С 2002 года, основным двигателем для этой модели, становится новый трехцилиндровый двигатель объемом 1200 куб. см..

В 2003 году на свет появляется Шкода Фабия в спортивной версии RS. От стандартного автомобиля её отличает заниженная подвеска, усиленная тормозная система, бампера в спортивном стиле, в качестве силового агрегата для версии RS выбран турбодизель объемом 1,9 литра.

В 2005 году произошел фэйслифтинг Шкоды Фабии первого поколения. Шкода Фабия второго поколения сходит с конвейера в 2007 году и доступна уже только в двух версиях кузова хетчбэг и комби.

В версии Комби, Фабия второго поколения имеет самый большой объем багажника в своем классе, который составляет 1460 литров. Модель Шкода Фабия второго поколения выпускается, по сей день, пережив один рестайлинг в 2010 году.